对于有序变量，我是否正确地使用了dbRDA？输出中的*.L和*.Q箭头是什么？

Question

当我将dbRDA应用到距离矩阵(在本例中是Bray距离)时，如下所示：

dbrda(sqrt(dist) ~ ., site_vars)

是否可以在site_vars变量中包含一列有序因素，这是一个数据，在取样点测量的值，例如平均温度，但它也包括一个列“土壤”，其中的土壤类型是不同的排序？还是有必要在一个单独的Condition参数中添加所有序数和标称缩放变量到公式中？

这里有一个小例子：

data <- rbind(
  c(1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0),
  c(1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0),
  c(0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0),
  c(1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0),
  c(0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1)
)
rownames(data) <- c("Site_1", "Site_2", "Site_3", "Site_4", "Site_5")
colnames(data) <- c("Spec_1", "Spec_2", "Spec_3", "Spec_4", "Spec_5", "Spec_6", "Spec_7", "Spec_8", "Spec_9", "Spec_10")
dist <- vegdist(data, "bray")

site_vars <- data.frame(
  Tmean = c(9, 10, 12, 14.5, 14),
  SomethingElse = c(12, 14, 13, 16, 21),
  Soil = c("good", "good", "OK", "OK", "bad")
)
site_vars$Soil <- ordered(site_vars$Soil, levels = c("good", "OK", "bad"))
# Version 1
dbRDA_Condition <- dbrda(sqrt(dist) ~ Tmean + SomethingElse + Condition(Soil), site_vars)
plot(dbRDA_Condition)

# Version 2
dbRDA <- dbrda(sqrt(dist) ~ Tmean + SomethingElse + Soil, site_vars)
plot(dbRDA)

版本1似乎忽略了我的土壤变量是排名的事实。Version 2生成了一个我觉得有点难以解释的输出，因为除了组质心之外，它还显示箭头。我期望1箭头代表土壤，就好像它是一个数值变量，数字1，2和3，而不是三个水平。然而，它显示了两个箭头，标记为Soil.L和Soil.Q。为什么一个变量有两个箭头？那么*.L和*.Q代表什么？不幸的是，我还没有找到任何解释。

Answer 1

R用对比分析因素。在无序因素中，默认对比是与第一个因素级别的差异。对于有序因子，R采用多项式对比:线性(L)、二次(Q)、三次(C)、四阶(^4).检查R统计环境的任何指南。dbrda没有发明这个特性，但它是R标准。