如何解决"ECitMatch()获得参数‘bdata’的多个值“？

Question

我刚开始使用bioservices软件包。现在，我将使用它检索两个引用的PMID，给定指定的信息，这是我尝试过的代码：

from bioservices import EUtils
s = EUtils()
print(s.ECitMatch("pubmed",retmode="xml", bdata="proc+natl+acad+sci+u+s+a|1991|88|3248|mann+bj|Art1|%0Dscience|1987|235|182|palmenberg+ac|Art2|"))

但是它发生了一个错误：

"TypeError: ECitMatch()获得参数‘bdata’的多个值“。

有人能帮我解决那个问题吗？

Answer 1

我认为问题在于，您有一个未命名的参数(pubmed)；如果您查看源代码，可以看到第一个参数应该是bdata；如果像您那样提供参数，那么不清楚bdata是"pubmed"还是命名的参数bdata，因此您得到的错误。

您可以用这个最小的例子来再现它：

def dummy(a, b): 
   return a, b

dummy(10, a=3)

会回来

TypeError: dummy()获得参数'a‘的多个值

但是，如果删除"pubmed"，错误将消失，但输出仍然不完整：

from bioservices import EUtils

s = EUtils()

print(s.ECitMatch("proc+natl+acad+sci+u+s+a|1991|88|3248|mann+bj|Art1|%0Dscience|1987|235|182|palmenberg+ac|Art2|"))

返回

'proc+natl+acad+sci+u+s+a|1991|88|3248|mann+bj|Art1|2014248\n'

因此，只考虑到第一份出版物。您可以使用正确的回车字符 \r获得两者的结果。

print(s.ECitMatch(bdata="proc+natl+acad+sci+u+s+a|1991|88|3248|mann+bj|Art1|\rscience|1987|235|182|palmenberg+ac|Art2|"))

会回来

proc+natl+acad+sci+u+s+a|1991|88|3248|mann+bj|Art1|2014248
science|1987|235|182|palmenberg+ac|Art2|3026048

我认为您不必指定retmod或数据库(pubmed)；如果您查看我上面链接的源代码，您可以看到：

query = "ecitmatch.cgi?db=pubmed&retmode=xml"

因此，它似乎总是使用pubmed和xml。

Answer 2

这里有两个问题:语法和bug。

正确的语法是：

    from bioservices import EUtils
    s = EUtils()
    query = "proc+natl+acad+sci+u+s+a|1991|88|3248|mann+bj|Art1|%0Dscience|1987|235|182|palmenberg+ac|Art2|"
    print(s.ECitMatch(query))

实际上，与ICitMatch相关的底层服务只有一个数据库(pubmed)和一种格式(xml)，因此这两个参数不可用:存在硬编码。因此，只需要一个参数:查询。

至于第二个问题，正如上面所指出的并报告了在生物服务问题页上，您的查询将只返回一个发布。这是一个特殊字符%0D (代替回车)没有被URL请求正确解释的问题。这个运输字符( \n，\r或%0d)现在在github上的最新版本中考虑到，如果您使用版本1.7.5，则从pypi网站考虑。

感谢威利戈特在“生物服务”页面上填充了这个问题，并提请我注意。

免责声明:我是“生物服务”的主要作者