R:如何创建多个统计测试结果的结果表？

Question

我完全是R的初学者。

我使用以下代码对R中的一列数据进行了多次卡方测试：

apply(mydata, 2, chisq.test, p=expected.probability)

得到了这样的多重结果：

$Primary Tumor

给定概率的x-平方检验

资料: newX，i x-平方= 515108，df = 6，p值< 2.2e-16。

$Primary Tumor_1

给定概率的x-平方检验

资料: newX，i x-平方= 583205，df = 6，p值< 2.2e-16。

$Primary Tumor_2

给定概率的x-平方检验

资料: newX，i x-平方= 58089，df = 6，p值< 2.2e-16。

可以提取出一个包含肿瘤数目，x-平方结果，df和p值50个样本的结果表吗？

我可以复制和粘贴在excel，但我想学习更大的例子代码。

谢谢您：)

Answer 1

您可以看到chisq测试的名称：

names(chisq.test(matrix(1:4,ncol=2)))
[1] "statistic" "parameter" "p.value"   "method"    "data.name" "observed" 
[7] "expected"  "residuals" "stdres" 

您需要的值是统计值(chisq)、参数(df)、p.value。

因此，我们模拟数据：

mydata = matrix(rpois(100,50),ncol=10)
colnames(mydata) = paste0("tumor",1:10)

并编写了一个更详细的函数，以便在测试后取出这些参数。

res = apply(mydata,2,function(x){
chisq.test(x,p=rep(0.1,10))[c("statistic","parameter","p.value")]
})

我们把它变成一个data.frame：

df = data.frame(id=names(res),do.call(rbind,res))
df

             id statistic parameter   p.value
tumor1   tumor1  4.322896         9 0.8889048
tumor2   tumor2  5.285714         9 0.8087245
tumor3   tumor3  2.803063         9 0.9715936
tumor4   tumor4   8.62578         9 0.4725097
tumor5   tumor5  13.22846         9 0.1525381
tumor6   tumor6  8.653768         9 0.4698283
tumor7   tumor7  7.666667         9 0.5680554
tumor8   tumor8  5.919132         9 0.7479838
tumor9   tumor9  8.051335         9 0.5289813
tumor10 tumor10  13.46875         9 0.1425173

Answer 2

尝尝这个

df <- apply(mydata, 2, chisq.test, p=expected.probability)

只需将其分配给一个可以从您的环境访问的变量..。也看看这个问题吧--它也可能对你有帮助。chi square test for each row in data frame