离散轴circos图的软件推荐

Question

我想做一个类似circos的情节，只可视化SNP( SNPs属性有多个音轨)。它可以用python、R或者我很乐意考虑其他语言来完成。

到目前为止，我已经看了一个圆圈R包。然而，在初始化circos图时，我得到了错误"Range of the sector ('C') cannot be 0"。我认为这个错误是因为我有离散数据(SNP)而不是所有职位的数据。或者这可能是因为我有一些重复的数据点。

我在下面简化了我的数据，并展示了我迄今尝试过的代码：

Sample  Gene    Pos read_depth  Freq
1   A   20394   43  99
1   B   56902   24  99
2   A   20394   50  99
2   B   56902   73  99
3   A   20394   67  50
3   B   56902   20  99
3   C   2100394 21  50

install.packages("circlize")
library(circlize)
data <- read.table("test_circos.txt", sep='\t', header=TRUE)
circos.par("track.height" = 0.1)
circos.initialize(factors = data$Gene, x = data$Pos)

我想知道是否有可能得到类似circos的图，其中我的每个数据点(在我的例子中是7个)被绘制为一个单独的数据点，而没有以离散轴的方式绘制任何其他点。

Answer 1

如果有人感兴趣，我决定如下：

每个类别的

1. 号数据点(='Gene')；新列

Sample  Gene  Pos     depth  Freq   Number
1       A     20394   43     99     1      
1       B     56902   24     99     1
2       A     20394   50     99     2
2       B     56902   73     99     2
3       A     20394   67     50     3
3       B     56902   20     99     3
3       C     2100394 21     50     1

1. 设计circos配置文件如下(未包含在真实配置文件中的标题)：

chr - ID  LABEL START END COLOUR
chr - A   A     0     3   chr1
chr - B   B     0     3   chr2
chr - C   C     0     1   chr3

这意味着我的基因的长度将等于在所述基因中识别的SNP的数量，并且每个基因的bp将代表我的SNP文件中的一行(=SNP)。

然后我就可以正常使用circos了。

最后，我选择了circos，因为它似乎是最好的文档，因此更容易学习，增加了更灵活的外观。