ChildIOException:运行飞眼后蛇类制作中的错误

Question

因此，当我在我的snakemake管道中运行flye之后，运行其他程序时，我会遇到一个问题。这是因为flye的输出是一个目录。我的规则如下：

samples, = glob_wildcards("data/samples/{sample}.fastq")

rule all:
    input:
    [f"assembled/" for sample in samples],
    [f"nanopolish/draft.fa" for sample in samples],
    [f"nanopolish/reads.sorted.bam" for sample in samples],
    [f"nanopolish/reads.indexed.sorted.bam" for sample in samples]


rule fly:
    input:
        "unzipped/read.fastq"
    output:
        directory("assembled/")
    conda:
        "envs/flye.yaml"
    shell:
        "flye --nano-corr {input} --genome-size 5m --out-dir {output}"


rule bwa:
    input:
        "assembled/assembly.fasta"
    output:
        "nanopolish/draft.fa"
    conda:
        "nanopolish.yaml"
    shell:
        "bwa index {input} {output}"

rule nanopolish:
    input:
        "nanopolish/draft.fa",
        "zipped/zipped.gz"
    output:
        "nanopolish/reads.sorted.bam"
    conda:
        "nanopolish.yaml"
    shell:
        "bwa mem -x ont2d -t 8 {input} | samtools sort -o {output}"

在此之前有几个步骤，但它们工作得很好。当我运行这个程序时，它会出现以下错误：

ChildIOException:
File/directory is a child to another output:
/home/fronglesquad/snakemake_poging_1/assembled
/home/fronglesquad/snakemake_poging_1/assembled/assembly.fasta

我搜索了这个错误。我在那里所能发现的是，这是因为snakemake不能很好地与输出主管一起工作。但是这个工具需要一个输出目录才能工作。有人知道怎么绕过这个吗？

Answer 1

(我想)问题就在你的代码的其他地方。

您已经定义了两个规则，第一个规则输出目录assembled，第二个规则输出assembled/assembly.fasta。因为第二个规则的输出总是至少是目录assembled，所以Snakemake抱怨道。您可以通过使用目录作为输入来解决这个问题：

rule second:
    input:
        "assembled"
    output:
        ...
    shell:
        cat {input}/assembly.fasta > {output}