用意义替换数据文件中的本体论代码

Question

我在使用R方面非常新手。我面临一个问题，我在收集数据时使用了本体代码(ICD-10、NCBITaxon和CHEBI)。

我的数据是长格式的：

   ID    Disease  Organism        Antibiotic 
1  654   N18.0    NCBITaxon:1280  CHEBI:8232 
2 1122   C92.0    NCBITaxon:28037 CHEBI:43968 

如何将编码的本体替换为相应的意义？

Answer 1

我不是专家，所以我不知道我的建议是否有用。R是一个很大的社区，所以有很多创建包的计划。我的两个包裹可能对你有帮助。我认为，为了获得更多有用的帮助，你应该自己找一些，当你有精确的问题时，我们就可以回答它们。就目前而言，我唯一能给你的建议是上面的套餐：

install.packages('icd')

library('icd')
library(magrittr)

要获得更多帮助，请看他们的。

关于分类单元，请看这：

install.packages( "taxize")
library(taxize)
genbank2uid(id = 1280)
genbank2uid(id = 28037)

为了切比，请看一看这里。

希望能帮上忙。