加载数据错误(Read10X，Seurat引导的集群教程)

Question

我试图遵循从Seurat网站的教程。https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html

我加载数据时出错了。

加载PBMC数据集

Read10X("1_Guided_tutorial/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz") <- pbmc.data

Read10X("1_Guided_tutorial/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz")中的错误:提供的目录不存在

如图像所示，我已经设置了工作目录。有人能告诉我问题出在哪里吗？谢谢!

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​

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("multtest")

library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)

# Load the PBMC dataset
pbmc.data <- Read10X(data.dir = "1_Guided_tutorial/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz")

Answer 1

几分钟前我被这个问题困住了，现在我找到了解决办法。

尝试使用以下代码：

install.packages("Seurat")
library(Seurat)
install.packages(c('dplyr','patchwork'))
library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)

为了安装用于scRNA分析的环境