试图将颜色添加到R g图(火山图)时出错

Question

想要制作一个火山图，它是基于意义和差异表达而着色的。使用Limma对象在R中的toptable制作了一个数据格式。根据调整后的p值和logfc在数据帧中添加颜色列。因此，每个基因也有一个颜色分配(“填充”)，然后使用这些颜色来制作ggplot：

 geom_point(mapping = aes(x= logFC, y= log10adj, colour = fill))+
 geom_hline(yintercept=1.3, linetype="dashed", color = "red")+
 geom_vline(xintercept=-1, linetype="dashed", colour= "blue")+
 geom_vline(xintercept=1, linetype="dashed", colour= "blue")+
 xlab("Log2 Fold Change")+
 ylab("-Log10 Adjusted P-value")+
 xlim(-3,3)+
 theme_grey()

但是，格格图没有被正确地着色：

不正确的情节

如果我在美学中添加形状，就会出现一个错误：

ggplot(voom_topt)+
  geom_point(mapping = aes(x= logFC, y= log10adj, colour = fill, shape = 23))+
  geom_hline(yintercept=1.3, linetype="dashed", color = "red")+
  geom_vline(xintercept=-1, linetype="dashed", colour= "blue")+
  geom_vline(xintercept=1, linetype="dashed", colour= "blue")+
  xlab("Log2 Fold Change")+
  ylab("-Log10 Adjusted P-value")+
  xlim(-3,3)+
  theme_grey()

错误:不能将连续变量映射为形状、运行rlang::last_error()以查看错误发生的位置。

有谁知道怎么解决这个问题吗？我不知道为什么这会出错(Ps我对R很陌生)

谢谢你的帮助！！

Answer 1

您需要像这样使用scale_color_manual

ggplot(mtcars) +
geom_point(mapping = aes(
  x = mpg, y = wt, color = factor(cyl))) + 
scale_color_manual(values = c("red", "black", "green"))

根据我在代码中看到的，您将设置color = factor(fill)，然后将您的四种颜色传递给scale_color_manual