Snakemake中通配符中的通配符

Question

我最近开始使用Snakemake。

我想要实现的是:我有一些需要独立修改的samples (规则index_vcf)。然后，样本组是另一个规则(analyse)的输入，我们为groups中的每个组得到一个输出。

我希望第二条规则运行两个命令：

some_script --input_files 'A2 Ah AL' --output ../out/A.out

和

some_script --input_files 'Banana BLM' --output ../out/B.out

如果只针对一个组，我知道如何做，但是如果这两个组都这样做，那么我在analyse中扩展的通配符analyse需要依赖于这个组，并得到错误。

unhashable type: 'list'

这是我的配置文件：

groups:
-   A
-   B

samples:
- A2
- Ah
- AL
- Banana
- BLM

grouped_samples:
  A: A2_mod, Ah_mod, AL_mod
  B: Banana_mod, BLM_mod

这是我的蛇形

configfile: "config_PCAWG.yaml"
samples = config["samples"]
groups = config["groups"]
grouped_samples = config["grouped_samples"]


rule all:
    input:
      expand("../out/{group}.out", group = groups)

rule index_vcf:
    input:
        "../data/{sample}"
    output:
        "../data/{sample}_mod"
    shell:
        "tabix -f {input}"

rule analyse:
    input:
        expand("{sample_from_group}", sample_from_group=grouped_samples[{group}].split())
    output:
         "../out/{group}.out
    shell:
        "some_script --input_files '{input}' --output {output}"

Answer 1

首先，您需要纠正错误打印(例如，有一个字符串，没有关闭引号)。接下来，有一个逻辑错误，因为没有任何规则产生与模式"../out/{group}.out"匹配的任何内容。你是说"../data/{group}.out"吗

现在是主要的部分。这是一个无效的语法：

        expand("{sample_from_group}", sample_from_group=grouped_samples[{group}].split())

您的意思是使用通配符并生成扩展的lambda (或函数)：

rule analyse:
    input:
        lambda wildcards: expand("{sample_from_group}",
                             sample_from_group=grouped_samples[wildcards.group].split())