在fviz_pca_biplot中为var和ind指定不同的点形状

Question

有什么方法可以从R包fviz_pca_biplot() FactoExtra中指定变量的形状吗？

例如，我有以下代码：

data("iris")

PCA.iris <- prcomp(iris[ , -5], scale=TRUE)

BiPlot<- fviz_pca_biplot(PCA.iris, 
                      geom = c("point", "text"), 
                      geom.var = c("point", "text"),
                      palette="ucscgb",
                      label="var",       
                      col.ind=iris$Species,
                      invisible="quali",
                      pointshape = 19, pointsize = 3) +
                      labs(colour= "Species" )+
                      theme_gray() +
                     theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5,size = 20, face = "bold"),
                           legend.title = element_text(size = 12), 
                           legend.text = element_text(size = 8),
                           legend.key.size = unit(0.5,"line") )+
                     guides(shape = guide_legend(override.aes = list(size = 4)),
                           color = guide_legend(override.aes = list(size = 4)) )
print(BiPlot)

但是它使var和ind的形状相同，我希望var的形状是不同的(形状15)。当geom.var = c(" point“、"text")设置为point时，参数”切入点“似乎同时适用于var和ind。

我尝试过使用scale_shape_manual()：

 BiPlot+
 scale_shape_manual(values=15) 

但是它不适用，我猜想这是由于geom中的" point“在geom中使用geom_point，并且我不能指定我想要应用它的点，但这只是一个粗略的猜测。

可以将var和ind的点形状设置为不同的值吗？

Answer 1

您只对fviz_pca_biplot中的数据点使用"text“，这将确保var形状为15。然后为单个数据点调用另一个geom_point()，并指定形状：

library(ggsci)
library(factoextra)

data("iris")

PCA.iris <- prcomp(iris[ , -5], scale=TRUE)

BiPlot<- fviz_pca_biplot(PCA.iris, 
                      geom = "text", 
                      geom.var = c("point", "text"),
                      label="var",
                      col.ind=iris$Species,       
                      invisible="quali",
                      pointshape = 15, pointsize = 3) +
                      geom_point(aes(col = Col.),shape=10)+
                      labs(colour= "Species" )+
                      scale_color_ucscgb() +
                      theme_gray() 

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