我应该使用素食主义者还是禁食者？

Question

我试图使用二进制数据进行分层聚类分析，对于距离矩阵，我应用了来自素食包的函数vegdist()：

dist.jac <- vegdist(final_df, method="jaccard", binary = TRUE)

接下来，我使用了hclust函数，但我不确定是否应该使用vegdist()生成的不同矩阵

jac <- hclust(dist.jac, method = "ward.D")

或者尝试这样的东西(就像我看到的)：

jac <- hclust(dist(dist.jac), method = "ward.D")

因为函数hclust()需要“由dist生成的不同的结构”。但另一方面，纯素包说，“应该提供dist的插入替代，并返回相同类型的距离对象”和“函数是dist的替代品”。应用dist(dist.jac)对我来说没有多大意义，但我已经见过了，所以如果有人能向我解释我应该使用哪一个，我会非常感激的！

Answer 1

如果有人在做dist(dist.jac)，他们得到的是数据的不同，而不是数据的不同。这很少有意义。

就像纯素食文档所说的那样，vegdist是dist的替代品。你用哪一种并不重要。如果只有一种选择可以使用不同的方法，请使用该方法。如果两者都可用，请使用其中之一。在这种情况下，我个人更喜欢dist，因为它不需要调用任何贡献包。