Snakemake包装器中(bio)conda版本的最佳实践？

Question

使用conda在Snakemake中指定包的最佳environment.yml实践是什么？据我所知，有关的渠道应该是：

channels:    
  - conda-forge
  - bioconda
  - base

但是，什么是指定包的好选择呢？我是否指定没有版本？全版？

使用全版本导致了以前使用无限/超长conda环境的问题。但是，没有固定版本就有可能间接升级到包的不兼容版本。

我是只指定直接依赖项，还是应该将conda env export的输出放在那里，以便冻结一切？

Answer 1

对于包版本编号，我通常会选择固定主要和次要版本的。这样，用户在创建环境时将获得最新的安全补丁和bug修复，而不应以向后不兼容的方式更改(只要开发人员正确地遵循语义版本化)。

此外，我将只指定直接依赖项，并让环境解决程序处理任何隐式依赖项。这为满足不同软件包的不同需求提供了一定程度的自由，而通常包的配方应该指定对特定版本的任何限制。

另一种避免(未来)冲突和保持环境创建快速的方法是，将环境保持尽可能小且尽可能细化(，见约翰下文的评论)。如果不同的规则只共享一些依赖关系，而不共享其他规则，我宁愿为每个规则创建单独的最小环境，也不愿重用更大的环境。Snakemake包装器无论如何都会这样做，因为每个包装器都有自己的环境定义。

正如约翰斯所指出的，同样适用于通道：只指定实际使用的通道，不再需要指定base通道。在使用mamba时，可以指定bioconda作为第一个通道。

谈到mamba：如果速度重要，我现在会使用 曼巴 来解决环境问题--它通常比conda快得多，并且更好地确保您获得最新版本的软件包。在snakemake中，您可以通过--conda-frontend mamba使用它，正如马滕对这个问题的评论中所指出的那样。

但是，当然，一切都取决于。如果您知道包的菜谱没有处理的版本不兼容，那么指定和固定隐式依赖项是必要的。如果您的软件创建了可以随修补程序版本更改的输出，那么您当然必须将补丁版本钉在脚上。