如何编写Snakemake规则- all，其中展开语句可以处理所有特定输入文件的缺失。

Question

我想编写一个Snakemake管道来处理短或长读排序文件，或者这两种类型，这取决于输入文件中提供的文件类型。首先，我的Snakefile调用一个shell脚本，该脚本创建一个配置文件，其名称为输入目录中标题short_reads下的所有短读文件和标题long_reads下的所有长读文件。以下是我的全部规则：

rule all:
input:
expand("../qc/id/{sample}/fastqc_raw/{sample}_R1_fastqc.html", sample=config["samples_short"]),
expand("../qc/id/{sample}/nanoplot_raw/NanoPlot-report.html", sample=config["samples_long"])
...

但是，如果没有提供其中一个文件类型(长读或短读)，Snakemake就会在KeyError中失败。如果我修改配置文件的方式仍然是标题，但没有示例名称，Snakemake尝试用值None调用输入。

缺少规则nanoplot_raw的输入文件：../raw_reads/None_ files .Fastq.gz

我如何设计规则--在某种程度上，它可以只处理短读或长读，以及作为输入处理两种序列类型？

谢谢你的帮忙!

Answer 1

下面的方法有效吗？

if config["samples_short"]:
    fastqc_short = expand("../qc/id/{sample}/fastqc_raw/{sample}_R1_fastqc.html", sample=config["samples_short"])
else:
    fastqc_short = []

if config["samples_long"]:
    nanoplot_long = expand("../qc/id/{sample}/nanoplot_raw/NanoPlot-report.html", sample=config["samples_long"])
else:
    nanoplot_long = []

rule all:
    input:
        fastqc_short,
        nanoplot_long,
        ...