用纯素adonis错误后更改DESeq2名称

Question

我在deseq2输出的命名(对比)中遇到了这个问题，在这种情况下，输出的命名是不可复制的。通常情况下，比较应该是: variable_level2_vs_level1 ("treat_b_vs_a")，但有时它会以variable1 ("treat1")的形式返回。我也在其他网站上看到过这个问题的帖子，但我从来没有找到一个像样的解决方案(也没有找到原因)。

直到现在，这一直是一个非常难以捉摸的问题，因为我无法轻易复制它。但今天，我设法弄明白了，并提出了一个最低限度的可重复代码，这将导致下面的问题。

只有当我运行一个不正确对比的纯素adonis模型时，问题才会发生。也许有人能帮我更好地理解问题的根源

library(vegan)
library(DESeq2)

mat <- matrix(sample(1:1000), ncol=10)
var$treat <- c(rep("a",5), rep("b",5))
var$y <- c(rep("a",10))

dds <- DESeq2::DESeqDataSetFromMatrix(mat, colData = var, design = ~ treat)
dds = DESeq(dds, test="Wald", fitType="parametric")
resultsNames(dds)

这给出了treat_b_vs_a，但是如果我在adonis模型之后再次运行它：

adonis(mat~var$y)

dds <- DESeq2::DESeqDataSetFromMatrix(mat, colData = var, design = ~ treat)
dds = DESeq(dds, test="Wald", fitType="parametric")
resultsNames(dds)

我得到了treat1。

因此，用adonis中的对比度触发一个错误会导致DESeq不正确地处理对比度。

Answer 1

我认为您遗漏了一条重要信息:在您的示例中，adonis失败了：

> adonis(mat ~ da$y)
Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : 
  contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels

您的y是常量(只有一个值)，无法使用。的确，在纯素 2.5-x中，我们确实设置了对比(这是一个用户选项)，但我们稍后会重新设置它们。但是，如果adonis由于输入无效而失败，则不会发生此重置。

这是可以修复的，以便我们重置对比，即使在失败，但未来的版本没有设置对比，因此，我没有计划只解决这个问题。

Answer 2

简单的回答是，当运行adonis函数时，对比度选项将被更改。有关对比度的信息，您可以看到这个帖子。下面是再现您的错误，首先我们将默认选项存储在一个新的设置上：

library(DESeq2)
library(vegan)
default_options = options()

mat <- matrix(sample(1:1000), ncol=10)
da = data.frame(treat = c(rep("a",5), rep("b",5)),
                y= c(rep("a",10)))

dds <- DESeq2::DESeqDataSetFromMatrix(mat, colData = da, design = ~ treat)
dds = DESeq(dds, test="Wald", fitType="parametric")

上面的结果给出了名字。我们可以看到环境选项和默认设置是相同的，

options()$contrasts
        unordered           ordered 
"contr.treatment"      "contr.poly"

default_options$contrasts
        unordered           ordered 
"contr.treatment"      "contr.poly"

现在在示例数据集上运行adonis，一切都正常：

data(dune)
data(dune.env)
adonis(dune ~ dune.env$Management)

        unordered           ordered 
"contr.treatment"      "contr.poly"

运行您的示例，这会引发一个错误：

adonis(mat~da$y)
options()$contrasts
[1] "contr.sum"  "contr.poly"

你可以看到它现在已经改变了。运行DESeq2将给出您所看到的结果。你需要把它改回来：

options(contrasts = c(unordered = "contr.treatment",ordered = "contr.poly"))

dds <- DESeq2::DESeqDataSetFromMatrix(mat, colData = da, design = ~ treat)
dds = DESeq(dds, test="Wald", fitType="parametric")

resultsNames(dds)
[1] "Intercept"    "treat_b_vs_a"