stat_pvalue_manually和stat_compare_means与Tukey

Question

我正在使用ggpubr和ggplot2。首先，我对我的3个集群做了一个anova测试，现在我想将TukeyHSD测试的plot值包含在我的方框图中。

stat_compare_means或stat_pvalue_manually

因为我发现stat_compare_means不能显示Tukey测试，不幸的是。

谢谢

Answer 1

这是很久以前就被问到的了，但是如果有人碰到它，下面是一个iris数据集的例子，因为您的问题中没有显示任何数据集。首先，加载所示的三个库。然后在下一个代码块中拟合ANOVA，将Tukey测试与数据中附加的p值/xy位置相匹配，然后将它们添加为如下所示的标签：

#### Load Libraries ####
library(tidyverse)
library(rstatix)
library(ggpubr)

#### Fit Data ####
fit <- iris %>% 
  anova_test(Sepal.Length ~ Species) %>% 
  add_significance()

#### Run Tukey ###
tukey <- iris %>% 
  tukey_hsd(Sepal.Length ~ Species) %>% 
  add_significance() %>% 
  add_xy_position()

#### Plot ####
ggboxplot(iris,
          x="Species",
          y="Sepal.Length")+
  stat_pvalue_manual(tukey,
                     hide.ns = T)+
  labs(subtitle = get_test_label(fit,
                            detailed = TRUE),
  caption = get_pwc_label(tukey))

结果应该是这样：

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