访问Snakefile中的-默认远程前缀。

Question

当我在google生命科学执行者上运行snakemake时，我运行的内容如下：

snakemake  --google-lifesciences --default-remote-prefix my_bucket_name  --preemption-default 10 --use-conda

现在，my_bucket_name将被添加到所有输入和输出路径中。

但出于某些原因，我需要在Snakefile代码中重新创建完整的路径，因此我希望能够访问代码中传递给--default-remote-prefix的任何内容。

有办法这样做吗？

Answer 1

我希望能够访问代码中传递给默认远程前缀的任何内容。

您可以使用工作流程对象如下：

print(workflow.default_remote_prefix) # Will print my_bucket_name in your example

rule all:
    input: ...

我不能100%确定workflow对象是否应该被用户使用，或者它是否是私有的，如果是的话，它可能会在没有警告的情况下被更改。但是我认为没关系，我一直使用workflow.basedir来获取蛇文件所在的目录。

或者，您可以解析sys.argv列表，但我认为这更麻烦。

另一种选择：

bucket_name=foo
snakemake --default-remote-prefix $bucket_name --config bucket_name=$bucket_name ...

然后在代码中使用config["bucket_name"]获取值foo。但我还是更喜欢workflow解决方案。