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社区首页 >问答首页 >biomaRt getBM由于getNodeSet {XML}错误而无法工作

biomaRt getBM由于getNodeSet {XML}错误而无法工作
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Stack Overflow用户
提问于 2021-05-30 08:19:10
回答 1查看 578关注 0票数 1

我在r中运行下面的代码,它不起作用。getBM似乎不适用于任何论点。我做错了什么吗?

代码语言:javascript
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ibrary(biomaRt)

ensembl <- useEnsembl(biomart = "genes")
ensembl <- useEnsembl(biomart = "ensembl", 
                       dataset = "hsapiens_gene_ensembl", 
                       mirror = "useast")
affyids <- c("202763_at","209310_s_at","207500_at")
getBM(attributes = c('affy_hg_u133_plus_2', 'entrezgene_id'),
       filters = 'affy_hg_u133_plus_2',
       values = affyids, 
       mart = ensembl)

我得到的错误是Error in getNodeSet(html, path = "//div[@class='plain-box float-right archive-box']")[[1]] : subscript out of bounds --我在r版本3.6.3和4.1中都尝试了这一点

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回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2021-05-31 07:45:45

根据https://www.ensembl.org/info/,Ensembl暂时不可用。

票数 1
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/67759139

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