为什么Sys.setenv()在R中不能立即生效？

Question

我试图理解与在R会话中设置环境变量有关的一些行为。

Context：在具有多核的计算机上，Intel可以在(足够大的)矩阵乘法过程中诱导数据竞争。这些数据竞争取决于线程模型。特别是在Ubuntu上，如果您没有设置MKL_THREADING_LAYER = "GNU" (不是默认的！)你可能会得到数据竞赛。

can_induce_data_race <- function() {
  X <- matrix(1:500 / 500, 50, 10)
  Y <- matrix(1:1000 / 1000, 10, 100)
  
  norm(X %*% Y)
}

Sys.getenv("MKL_THREADING_LAYER")
#> [1] ""

can_induce_data_race()
#> [1] 2997.423
can_induce_data_race()
#> [1] 2986.476
can_induce_data_race()
#> [1] 2757.553

现在，如果我使用callr::r()启动一个新的R会话，我既可以复制这个问题，也可以通过传递MKL_THREADING_LAYER = "GNU"来解决它。

callr::r(can_induce_data_race)
#> [1] 2997.423
callr::r(can_induce_data_race, env = c(MKL_THREADING_LAYER = "GNU"))
#> [1] 249.7852

我希望我能从我的R会话中解决这个问题，如下所示，但它似乎行不通。

callr::r(can_induce_data_race)
#> [1] 2967.369

Sys.setenv(MKL_THREADING_LAYER = "GNU")
Sys.getenv("MKL_THREADING_LAYER")
#> [1] "GNU"

can_induce_data_race()
#> [1] 2997.423

但是，此时使用callr::r()，就可以消除数据竞争。此外，如果我在我的MKL_THREADING_LAYER = "GNU"文件中指定了.Renviron，数据竞争就会被消除。

callr::r(can_induce_data_race)
#> [1] 249.7852
callr::r(can_induce_data_race, env = c(MKL_THREADING_LAYER = "GNU"))
#> [1] 249.7852

为什么当我在env参数中将它指定给callr::r()或通过.Renviron，而不是当我通过Sys.setenv()显式地设置它时，为什么会尊重它？

Answer 1

由于许多原因，程序和库通常在启动时只读取一次环境变量。如果在加载库后更改了该值，则为时已晚:环境变量设置已被读取和应用，并且将不再查询该变量。您只能依赖您生成的子进程正在使用的新值。

所有这些都不是专门针对MKL或R的；实际上，这是非常普遍的做法。查找环境变量是相对昂贵的，也不是线程安全的，而且在运行时更改受变量影响的设置常常是不实际的。选择线程后端当然听起来像这样的情况。

如果希望将环境变量应用于启动的每个R会话，请在.bashrc、.xsessionrc、.desktop文件或其他等效位置(取决于使用何种类型的shell )中的某个位置定义导出的环境变量.xsessionrc。