在R中，在纯素函数simper()中，为什么我会收到一条错误消息，说明"...length of 'dimnames‘[1]不等于数组范围“

Question

我试图将dune数据集和dune.env数据集的一列传递给函数vegan::simper()，但始终显示错误消息。即使我运行直接从simper()帮助面板复制的代码，也会显示此错误消息，该帮助面板与下面所示的代码有所不同。

> library(vegan)
> data("dune"); data("dune.env")
> simper(dune,dune.env$Moisture)
Error in array(r, dim = d, dimnames = if (!(is.null(n1 <- names(x[[1L]])) &  : 
  length of 'dimnames' [1] not equal to array extent

我尝试将dune.env$Moisture转换为data.frame，以便更好地匹配其他纯素函数(如cca() )的输入要求，但继续接收相同的错误。

> (dune_moisture <- data.frame("dune_moisture" = dune.env$Moisture))
   dune_moisture
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> simper(dune,dune_moisture)
Error in array(r, dim = d, dimnames = if (!(is.null(n1 <- names(x[[1L]])) &  : 
  length of 'dimnames' [1] not equal to array extent

如何将数据传递给vegan::simper()

Answer 1

类似的问题已经有报道，并在最近的纯素的CRAN版本(2.6-4)中得到修正。当代理包与纯素同时加载时，问题就出现了。proxy改变了标准R距离结构的处理方式，这会干扰simper内部的距离处理。这在https://github.com/vegandevs/vegan/issues/528中进行了讨论，并在最新的纯素版本(2.6-4)中得到了修正。如果您无法获得最新的纯素版本，请卸载代理，这样就可以了。