绘制素食者的树状图：：ggplot ()

Question

Vegan：：嗜好者()有一个非常好的绘图方法，它创建了一个平均异同点的树状图。如何将输出合并到ggplot中才能完全控制美学？下面是一些使用沙丘的示例代码。举个例子，我想用“Use”(参见Dune.env中的因素)来重新创建每个管理级别上的ggplot和颜色的树状图。

# Species and environmental data
require(vegan)

dune <- read.delim ('https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/dune2.spe.txt', row.names = 1)

dune.env <- read.delim ('https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/dune2.env.txt', row.names = 1)

data(dune) 
data(dune.env)

dune_dist <- vegdist(dune, method = "bray", na.rm=T)

dissim <- meandist(dune_dist, grouping = dune.env$Management) 

plot(dissim)

Answer 1

从?vegan:::plot.meandist中可以清楚地看出，hclust函数用于kind = "dendrogram"。重新创造：

zz <- hclust(as.dist(dissim), method = "average") #use desired method, "average" is the default in vegan:::plot.meandist

现在，要使用ggplot来可视化树：

library(ggdendro)

从树中创建一个data.frame：

dd <- as.dendrogram(zz) 
dd <- dendro_data(zz) 

从不同的矩阵中获取对角线元素，因为它们表示集群内的可变性(见@Jari下面的注释)：

data.frame(diag = diag(dissim)) %>%
  rownames_to_column("label") -> dissim_diag

dissim_diag
  label      diag
1    BF 0.4159972
2    HF 0.4418115
3    NM 0.6882438
4    SF 0.5813015

现在需要更改段数据，这样叶子就不会以0结束，而是在适当的距离处结束。

segment(dd) 
       x         y xend      yend
1  1.875 0.7412760 1.00 0.7412760
2  1.000 0.7412760 1.00 0.0000000
3  1.875 0.7412760 2.75 0.7412760
4  2.750 0.7412760 2.75 0.5960416
5  2.750 0.5960416 2.00 0.5960416
6  2.000 0.5960416 2.00 0.0000000
7  2.750 0.5960416 3.50 0.5960416
8  3.500 0.5960416 3.50 0.4736637
9  3.500 0.4736637 3.00 0.4736637
10 3.000 0.4736637 3.00 0.0000000
11 3.500 0.4736637 4.00 0.4736637
12 4.000 0.4736637 4.00 0.0000000

换句话说，如果x是一个整数，yend是0，我们需要将yend更改为适当的距离。下面的代码是在两个联接中完成的。第一个联接添加label(dd)数据，第二个联接将dissim_diag数据添加到段数据中：

segment_data <- segment(dd) %>%
  left_join(
    label(dd),
    by = c("xend" = "x",
           "yend" = "y")) %>%
  left_join(dissim_diag) %>%
  mutate(yend = pmax(yend, diag, na.rm = TRUE)) #use as yend whichever is higher yend or diag, ignoring NA.

segment_data
       x         y xend      yend label      diag
1  1.875 0.7412760 1.00 0.7412760  <NA>        NA
2  1.000 0.7412760 1.00 0.6882438    NM 0.6882438
3  1.875 0.7412760 2.75 0.7412760  <NA>        NA
4  2.750 0.7412760 2.75 0.5960416  <NA>        NA
5  2.750 0.5960416 2.00 0.5960416  <NA>        NA
6  2.000 0.5960416 2.00 0.5813015    SF 0.5813015
7  2.750 0.5960416 3.50 0.5960416  <NA>        NA
8  3.500 0.5960416 3.50 0.4736637  <NA>        NA
9  3.500 0.4736637 3.00 0.4736637  <NA>        NA
10 3.000 0.4736637 3.00 0.4159972    BF 0.4159972
11 3.500 0.4736637 4.00 0.4736637  <NA>        NA
12 4.000 0.4736637 4.00 0.4418115    HF 0.4418115

需要进行类似的操作才能创建适当的标签协同：

text_data <- label(dd) %>%
  left_join(dissim_diag) %>%
  mutate(y = diag,
         group = factor(rep(c("one", "two"),  2))) #just some random groups to color by

现在实际的情节是：

ggplot(segment_data) + 
  geom_segment(aes(x = x,
                   y = y,
                   xend = xend,
                   yend = yend))  +
  theme_dendro() + 
  theme(axis.line.y = element_line(),
        axis.ticks.y = element_line(),
        axis.text.y = element_text()) +
  geom_text(aes(x = x,
                y = y,
                label = label,
                color = group),
            angle = -90, hjust = 0,
            data = text_data) 

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感谢@的评论！

Answer 2

去葡萄糖包是为了帮助完成这些任务而设计的(而且它是基于ggdendro的代码--这是一个比ggdendro更灵活和简单的代码库)。您可以看到关于ggplot2集成在守护神中的一节。

由于我自己的计算机(旧的linux )的问题，我无法安装纯素来重现您的示例。但是，如果我使用类似的数据，下面是一个用法示例：

dune <- read.delim ('https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/dune2.spe.txt', row.names = 1)
dune.env <- read.delim ('https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/dune2.env.txt', row.names = 1)
dissim <- dist(dune) # a hack, just because I can't get vegan to work
zz <- hclust(as.dist(dissim), method = "average") #use desired method, "average" is the default in vegan:::plot.meandist

获取树状图的代码：

library(dendextend)
library(ggplot2)
ggplot(as.dendrogram(zz))

输出(同样，与上面的分析不同，但您可以使用自己的代码来修复它)

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这也支持对分支、标签、旋转等进行着色。你可以去这里的守护神了解更多。