使用PyVista从Nifti文件中获取数组

Question

我刚开始使用MRI数据集(.nii)在PyVista中编程和处理

我试着读取Nifti文件并提取一个数组，这样我就可以根据数组中的差异比较两个MRI，并使用PyVista将其可视化。

PyVista主要是基于VTK库的，所以可能在VTK中有一个函数，但是我在文档中有点无能为力。

我在nibabel中找到了一个访问数组的解决方案：

img = nib.load(example_filename)

a = np.array(img.dataobj)

但是，我仍然不能访问PyVista数组来突出这些差异。

谢谢你提前提供帮助！

Answer 1

我们需要执行两个不同的操作：

1. 从NIfTI数据集中检索强度值，例如使用nibabel
2. 例如，使用PyVista绘制三维numpy数组。有关更多细节，请查看PyVista文档这里和这里。您将不得不添加起源，间距等，但为了简单起见，我将省略它们。

以下是代码：

import nibabel as nb

example = nb.load("/nifti/path/example.nii.gz")
intensities = example.get_fdata()

grid = pv.UniformGrid()
grid.dimensions = np.array(values.shape) + 1
grid.cell_data["intensities"] = intensities.flatten(order="F")
grid.plot(volume=True, cmap="bone")