按执行顺序对单个通配符进行snakemake模拟运行

Question

是否可以按照执行的顺序对单个通配符进行snakemake的模拟运行？

当我称之为试运行时，我在底部得到以下信息：

Job counts:
        count   jobs
        1       all
        1       assembly_eval
        5       cat_fastq
        1       createGenLogDir
        5       createLogDir
        5       flye
        5       medaka_first
        5       medaka_second
        5       minimap_first
        5       quast_medaka_first
        5       quast_medaka_second
        5       quast_racon_first
        5       racon_first
        5       symLinkFQ
        58
This was a dry-run (flag -n). The order of jobs does not reflect the order of execution.

因此，我想这将是有用的：

对于单个directives.

• get通配符(显然，聚合规则除外)，

1. 获得了单一通配符的试运行命令，毕竟，这些规则的命令之间唯一不同的地方是输入、输出和param 中的通配符--按执行顺序打印的工作流，以增强的。

我没有找到使用snakemake -h的合适选项，我会寻找--rulegraph比较--dag的方法，这就是避免冗余。

如果没有这方面的解决方案，或者解决方案太麻烦，我想我会在他们的github页面中建议将其作为增强。

Answer 1

以下是一些可能的解决方案：

可以使用所需的特定通配符指定目标文件，例如snakemake -nq output_wc1.txt

• If您的通配符存储在list/dataframe中，仅限于第一个通配符。我在开发时经常这样做，例如chroms = range(1,2) # was range(1, 23)

如果每个规则都有一个作业，并且依赖关系很简单(A -> B -> C)，则应按执行顺序列出作业。当您的工作流具有并发或分支规则时，则不是这样。

您是否也检查过--filegraph和--summary？