规则输入中的snakemake if else语句

Question

对于snakemake，我希望根据布尔值在规则中有不同的输入(包括通配符)。

我试过：

rule quantify:
    input:
        if trimmed_fastq:
            forward = path_trimmed_fastq + "/{sample}_R1_val_1.fq.gz",
            rev = path_trimmed_fastq + "/{sample}_R2_val_2.fq.gz"
        else:
            forward = fastq_path + "/{sample}_R1.fastq.gz",
            rev = fastq_path + "/{sample}_R2.fastq.gz"

但是它给了我一个“无效的语法”错误，我认为它不喜欢如果在输入中的其他语句，有人知道如何解决这个问题吗？

我知道我可以有两个不同的"quantify“和"quantify_trimmed”规则，其中包含if there语句，但我想知道是否有更优雅的解决方案。

谢谢你的帮助

Answer 1

实际上，在输入中不能有if..else语句。相反，可以使用函数来实现您想要的结果：

def getInputFilesForQuantify(wildcards):
    files = dict()
    if(trimmed_fastq):
        files["forward"] = os.path.join(path_trimmed_fastq,wildcards.sample,"_R1_val_1.fq.gz")
        files["rev"] = os.path.join(path_trimmed_fastq,wildcards.sample,"_R2_val_2.fq.gz")
    else:
        files["forward"] = os.path.join(fastq_path,wildcards.sample,"_R1.fastq.gz")
        files["rev"] = os.path.join(fastq_path,wildcards.sample,"_R2.fastq.gz")
    return files

rule quantify:
    input: unpack(getInputFilesForQuantify)
    output: ....

注意：

这里使用的是将function.

• unpack的参数传递给
• 通配符，因为如果需要对输入命名，则返回一个字典。否则，返回一个简单的文件列表。