如何开始操作R中的scRNA seq .txt矩阵？

Question

我对这件事很陌生，所以请原谅我普遍缺乏理解。

我一直在尝试获取提供这里的数据集(我从底部下载.txt文件)。这是scRNA-seq数据，我试着用seurat来处理它并绘制一些图表。然而，每次我尝试加载它，它都不能工作，它说我需要一个arcode文件。如何将此文件转换为将运行在seurat并生成条形码文件的文件？我真的很感谢任何人在这方面的帮助。谢谢!

Answer 1

读取它很简单，可以使用标准函数，如：

d <- data.table::fread("GSM4203181_data.raw.matrix.txt")

“条形码”是名字，“特征”是第一列，所以基因。

> d[1:5,1:5]
              V1 AAACCTGAGAGATGAG-1 AAACCTGCACCAGGCT-1 AAACCTGGTTAAGACA-1
1:  RP11-34P13.7                  0                  0                  0
2:  RP11-34P13.8                  0                  0                  0
3:    FO538757.2                  1                  0                  0
4:    AP006222.2                  2                  1                  0
5: RP4-669L17.10                  0                  0                  0
   AAACCTGGTTGAGTTC-1
1:                  0
2:                  0
3:                  0
4:                  0
5:                  0

在这里，您可以手动构造Seurat对象，例如通过https://www.rdocumentation.org/packages/Seurat/versions/3.0.1/topics/CreateSeuratObject。