蛇形重复规则，其输出文件已经存在

Question

我正在运行snakemake (v7.6.2)，我注意到，与其“原则”不同，它试图重新运行输出文件已经存在的管道的步骤。

在我的第一次运行中，我有以下DAG：

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它成功地完成了，但是我现在想向它添加另一个规则(quast_first)，如下面的“更新”DAG所示：

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(我是通过添加quast_first的输出作为quast_second的输入来做到这一点的)

如果我调用了一个试运行，我将期望重新执行以下规则：

1. quast_first：输出不存在，它不是以前的workflow
2. quast_second：的一部分--尽管输出是存在的，但是它有一个新的依赖项(quast_first)，尽管在这种特殊情况下，输出应该完全相同，因为quast_first的输出只是quast_second

的依赖项(所以没有输入)。

然而，我看到snakemake想要重新生成整个工作流。下面是使用--reason标志调用试运行的摘录，如this question中所解释的

rule symLinkFQ:
    input: logs/BORD1725, /nexus/Gridion/20220420Microbiology_q20/no_sample/20220405_1846_X1_FAT23098_47b43b4a/High_accuracy_basecalling/pass/barcode04
    output: symLinkFq/BORD1725
    log: /home/ngs/tempSnakemake/20220420Microbiology_q20/logs/BORD1725
    jobid: 34
    reason: Updated input files: /nexus/Gridion/20220420Microbiology_q20/no_sample/20220405_1846_X1_FAT23098_47b43b4a/High_accuracy_basecalling/pass/barcode04
    wildcards: barcode=BORD1725
    resources: mem_mb=1000, disk_mb=1000, tmpdir=/tmp

ln -s /nexus/Gridion/20220420Microbiology_q20/no_sample/20220405_1846_X1_FAT23098_47b43b4a/High_accuracy_basecalling/pass/barcode04 symLinkFq/BORD1725

但是，我可以确认规则symLinkFQ的输出确实存在(workdir是/home/ngs/tempSnakemake/20220420Microbiology_q20)，

[ngs@vngs20x ~/tempSnakemake/20220420Microbiology_q20]$ ll symLinkFq/BORD1725
lrwxrwxrwx. 1 ngs ngs 125 24. Mai 14:01 symLinkFq/BORD1725 -> /nexus/Gridion/20220420Microbiology_q20/no_sample/20220405_1846_X1_FAT23098_47b43b4a/High_accuracy_basecalling/pass/barcode04

所以我不太明白什么是：

reason: Updated input files: /nexus/Gridion/20220420Microbiology_q20/no_sample/20220405_1846_X1_FAT23098_47b43b4a/High_accuracy_basecalling/pass/barcode04`, as shown above:

同样，在试运行结束时，它再次显示如果我调用它，整个工作流将被执行：

Job stats:
job               count    min threads    max threads
--------------  -------  -------------  -------------
all                   1              1              1
cat_fastq             4              1              1
flye                  4              1              1
minimap_first         4              1              1
minimap_second        4              1              1
quast_first           4              1              1
quast_second          4              1              1
racon_first           4              1              1
racon_second          4              1              1
symLinkFQ             4              1              1
total                37              1              1

我一直在使用Snakemake的早期版本(主要是V.5.*)，据我所知，这是我第一次遇到这个问题(Snakemake重新运行其输出文件已经存在的规则)。例如，我现在必须传递命令行参数来获取snakemake，告诉它不要重新生成已经存在的输出文件(尽管我一直认为这是默认行为)，这是否是与版本相关的呢？

Answer 1

事实证明，这确实与版本有关。我删除了snakemake v7.6.2，并将其命名为v5.8.1，而snakemake不再想重复其输出文件存在的规则。同样的错误出现在v7.8.0上，这是最新的发行版。