运行nextflow管道时出现奇怪的错误

Question

对于我的数据分析管道，我使用nextflow作为工作流管理系统来运行一个名为rmats的工具。在脚本部分，我给出了所有必需的参数，但是当我使用以下命令运行管道时：

nextflow run -ansi-log false main.nf

我会得到这个错误：

Command error:
  ERROR: output folder and temporary folder required. Please check --od and --tmp.

下面是rmats.nf模块：

process RMATS {
    tag "paired_rmats: ${sample1Name}_${sample2Name}"
    label 'rmats_4.1.2'
    label 'rmats_4.1.2_RMATS'
    container = 'quay.io/biocontainers/rmats:4.1.2--py37haf75f70_1'
    shell = ['/bin/bash', '-euo', 'pipefail']

    input:
    path(STAR_genome_index)
    path(genome_gtf)
    path(s1)
    path(s2)

    output:
    path("*.txt", emit: final_results_rmats)


    script:
    """
    rmats.py \
    --s1 ${s1} \
        --s2 ${s2} \
        --gtf ${genome_gtf} \
        --readLength 150 \
        --nthread 10
        --novelSS
        --mil 50
        --mel 500
        --bi ${STAR_genome_index} \
        --keepTemp \
        --od final_results_rmats \
        --tmp final_results_rmats
    """
 }

这是main.nf

#!/usr/bin/env nextflow
nextflow.preview.dsl=2

include RMATS from './modules/rmats.nf'
gtf_ch = Channel.fromPath(params.gtf)
s1_ch = Channel.fromPath(params.s1)
s2_ch = Channel.fromPath(params.s2)
STAR_genome_index_ch = Channel.fromPath(params.STAR_genome_index)

workflow {
    rmats_AS_calling_ch=RMATS(s1_ch, s2_ch, gtf_ch, STAR_genome_index_ch)

}

在脚本部分中，{}中的参数将在配置文件中给出。你知道有什么问题吗？

Answer 1

您只是在脚本块中缺少了一些反斜杠字符，这些字符是shell为行继续所必需的。您还可以考虑转义反斜杠字符，使Nextflow写脚本(工作目录中的.command.sh)具有行延续：

    script:
    """
    rmats.py \\
        --s1 ${s1} \\
        --s2 ${s2} \\
        --gtf ${genome_gtf} \\
        --readLength 150 \\
        --nthread 10 \\
        --novelSS \\
        --mil 50 \\
        --mel 500 \\
        --bi ${STAR_genome_index} \\
        --keepTemp \\
        --od final_results_rmats \\
        --tmp final_results_rmats
    """