如何在NMDS之后向ANOSIM测试添加环境因素/解释变量

Question

我现正尝试分析三个不同地点的物种组成与每个地点所量度的环境因素的关系。我创建了一个NMDS图，然后开始尝试执行ANOSIM测试。我只能计算出如何测试这三个站点之间的相似性，而不知道如何将环境因素作为一个变量添加到相似度中。species_是我的数据框架，只包含丰富度，speciesdata_是我的数据框架，包含丰富度、站点和栖息地作为列。

ano = anosim(species_, speciesdata_$Habitat, distance = "bray", permutations = 9999)

Answer 1

我建议查看vegan包中的其他一些可用函数。

例如，可以使用envfit将环境向量拟合到NMDS绘图中。

adonis函数提供了一种替代的方法来测试哪些环境变量正在影响社区结构。

阅读vegan文档并检查vegan CRAN页面上可用的小片段：https://cran.r-project.org/web/packages/vegan/index.html