Select参数不适用于cca对象

Question

我在素食者中创建了一个班级cca的对象，现在我正在尝试整理triplot。但是，我似乎不能使用select参数只显示指定的项。我的代码如下所示：

data("varechem")
data("varespec")
ord <- cca(varespec ~ Al+S, varechem)
plot(ord, type = "n")
text(ord, display = "sites", select = c("18", "21"))

我只希望两个指定的站点(18和21)出现在情节中，但当我运行代码时，不会发生任何事情。我甚至没有得到一个错误的测量。

我真的被困住了，但我相当肯定这段代码是正确的。有人能帮我吗？

Answer 1

我现在记不起来了，但我不认为这样做的目的是让“名字”来选择应该选择的分数行。文档中提到select是一个逻辑向量，或者是要选择的分数的指数。所谓索引，是指数字索引，而不是行名。

该示例失败，因为select还用于子集要在text()中绘制的值的labels字符向量，并且该labels字符向量没有命名。使用字符向量来子集另一个向量需要命名另一个向量。

如果您这样做了，您的示例就会奏效：

data("varechem")
data("varespec")
ord <- cca(varespec ~ Al + S, varechem)
plot(ord, type = "n")

take <- which(rownames(varechem) %in% c("18", "21"))
# or
# take <- rownames(varechem) %in% c("18", "21")
text(ord, display = "sites", select = take)

我将考虑一下，支持您的示例的用例是否简单。

Answer 2

下面的代码可能给出了您想要达到的结果：

首先，创建一个对象来存储空白的CCA1-CCA2绘图。

p1 = plot(ord, type = "n")

查找并保存站点18和21的坐标。

p1$p1$sites[c("18", "21"),]
#         CCA1      CCA2
#18  0.3496725 -1.334061
#21 -0.8617759 -1.588855
site18 = p1$sites["18",]
site21 = p1$sites["21",]

将空白的CCA1-CCA2图与18和21号站点的点叠加起来.将不同的颜色设置到不同的点可能是个好主意。

points(p1$sites[c("18", "21"),], pch = 19, col = c("blue", "red"))

显示标签可能会提供信息。

text(x = site18[1], y = site18[2] + 0.3, labels = "site 18")
text(x = site21[1], y = site21[2] + 0.3, labels = "site 21")

这是最终的阴谋。

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