超短枝“清洁”ete3树

Question

我的建树工具喜欢二叉树。为了得到这样的树，它经常引入超小的分支来保持它的二元结构。

当我试图比较树木时，这对我来说是非常烦人的，因为那些小树枝引入了不应该存在的分裂。

如果树枝长度小于指定的限制，是否有一种简单的方法使用ete3 (或其他库)来清理分支树？

例如，让从根到AB的分支长度小于限制：

      /-A
   /-|
  |   \-B
--|
  |     /-C
   \---|
        \-D

那么生成的树应该如下所示：

   /-A
  |
  |--B
--|
  |     /-C
   \---|
        \-D

我试过这样做：

from ete3 import Tree

tree = "((A:0.1,B:0.2):0.005,(C:0.3,D:0.4):0.009);"


t1 = Tree(tree, quoted_node_names=True, format=1)


limit = 0.006

for node in t1.iter_descendants():
    if node.dist <= limit:
        nn = node._children
        nodelist = []
        for n in nn:
            nodelist.append(n.name)
        for n in nodelist:
            parent = node.up
            remove = t1.search_nodes(name=n)
            remove[0].delete()
            # parent._children.append(remove)



print(t1)

导致这棵树：

        /-C
-- /---|
        \-D

所以我设法切断了A和B的叶子，但是我没有把它们附加到上面的节点上。

这是一个实现这一目标的有效策略吗？

若否，我应如何处理这个问题？

提前谢谢你，

最好的

t.

Answer 1

哦，这比预期要容易得多：

for node in t1.get_descendants():
    if not node.is_leaf() and node._dist <= limit:
        node.delete()

就这么做。