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社区首页 >问答首页 >如何将fasta序列中的标题修剪为物种名称,并使用sed命令保留序列的主文本?

如何将fasta序列中的标题修剪为物种名称,并使用sed命令保留序列的主文本?
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Stack Overflow用户
提问于 2022-02-16 12:21:17
回答 1查看 201关注 0票数 0

fasta文件名: STD_PRO_1.fasta

fasta文件中有多个标题,如下所示:

甘露糖基转移酶,磷酸核糖基-ATP焦磷酸水解酶:磷酸核糖基-AMP环水解酶,部分cds..

甘露糖基转移酶,磷酸核糖基-ATP焦磷酸水解酶:磷酸核糖基-AMP环水解酶,部分cds..

在标题中只保留物种名称,如下所示:

大肠埃希菌

大肠埃希菌

EN

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2022-02-16 16:00:49

在此之前:

代码语言:javascript
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$ sed -n l test.fasta
>ENA|AB000176|AB000176.1 Escherichia coli DNA for mannosyl transferase$
GACCATATGATTGACGCCTATGTCAATCTCTACACTACATTGCTGGAAAGCAAATCCTGA GAGATGCTA$
$
>ENA|AB000178|AB000178.1 Escherichia coli DNA for mannosyl transferase$
GACCATATGATTGACGCCTATGTCAATCTCTACACTACATTGCTGGAAAGCAAATCCTGA GAGATGCTA$

之后:

代码语言:javascript
复制
$ sed '/^>/{ s/[^ ]* />/; s/ DNA.*//; s/ gene.*//; }' test.fasta
>Escherichia coli
GACCATATGATTGACGCCTATGTCAATCTCTACACTACATTGCTGGAAAGCAAATCCTGA GAGATGCTA

>Escherichia coli
GACCATATGATTGACGCCTATGTCAATCTCTACACTACATTGCTGGAAAGCAAATCCTGA GAGATGCTA
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原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/71141788

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