循环删除具有NAs by行和run函数的列(对每一行执行此操作)。

Question

我在包中运行函数多样性，但我的数据集包含许多NAs。该函数按行(即绘图)计算多样性，但如果该行具有NAs，则返回NAs。我看过了，但是没有找到使用这个函数的NAs的解决方案。解决这个问题的唯一方法(也许)是每次运行函数时都删除带有NAs的列，但是手工操作将花费很长时间。我不能简单地从dataset中删除所有NAs，因为这也将删除整个行，并且我有一些包含数据的列。

我如何循环删除带有NAs的列，运行函数，存储多样性输出，然后对下一行执行相同的操作直到最后一行？

数据集示例：

|species1|species2|species3|species4|species5|species6|species7|species8|
|________|________|________|________|________|________|________|________|
|NA      |90      |75      |NA      |NA      |NA      |NA      |60      |
|90      |NA      |75      |NA      |90      |NA      |90      |60      |
|NA      |NA      |NA      |NA      |NA      |NA      |NA      |33      |
|60      |90      |75      |NA      |30      |NA      |NA      |46      |
|NA      |90      |75      |NA      |NA      |NA      |NA      |NA      |

和多样性功能：

library("vegan")
diversity(dataset, "invsimpson")

任何帮助都是非常感谢的。谢谢!

Answer 1

您的数据集是物种x站点矩阵吗？例如，行是站点/样本，列是物种？

如果是这样的话，正常情况下，用零来表示某个物种在该地点没有被检测到，而不是"NA“。我明白，仅仅因为你没有发现一个物种，并不意味着它不存在，但是大多数对生态群落数据的分析都考虑到了这一点。