数据分析- MD分析Python

Question

我看到这个错误，需要帮助这个！

Warnings.warn(“未能猜出以下原子类型的质量：{}".format(atom_type))回溯(最近一次调用)：protein_z=protein.centroid()2 IndexError中的文件”traj_残留物-z.py“第48行:索引2超出了大小为0的轴0的界限。

Answer 1

这个问题通过邮件列表线程https://groups.google.com/g/mdnalysis-discussion/c/J8oJ0M9Rjb4/m/kSD2jURODQAJ中的讨论得到了解决。

简单地说：residue-z.py脚本包含了行

protein=u.select_atoms('resid 1-%d' % (nprotein_res))

结果显示，选择'resid 1-%d' % (nprotein_res)不会选择任何内容，因为输入GRO文件以resid 1327开头。

 1327LEU      N    1   2.013   3.349   8.848  0.4933 -0.2510  0.2982
 1327LEU     H1    2   1.953   3.277   8.893  0.0174  0.1791  0.3637
 1327LEU     H2    3   1.960   3.377   8.762  0.6275 -0.5669  0.1094
 ...

因此，从1开始的大小选择并不匹配任何内容。这产生了一个空的AtomGroup protein__。

后继质心计算

protein_z=protein.centroid()[2]

失败是因为对于空AtomGroup，protein.centroid()返回一个空数组，因此试图在索引2处获取元素会引发IndexError。

解决方案(感谢@IAlibay)是为了

• 要么更改选择字符串'resid 1-%d'以适应开始和停止大小，要么
• 只需通过切片nprotein_res protein = u.residues[:nprotein_res].atoms来选择第一个ResiduesGroup残基。