VCF文件缺少强制标题行(“#CHROM.”)

Question

当我要在一个码头映像和os ubuntu18.04中使用坐列库读取一个VCF文件时，我会收到一个错误。这表明

引发RuntimeError('VCF文件缺少强制标题行(“#CHROM.”))RuntimeError: VCF文件缺少强制标题行(“#CHROM.”)

但是在VCF文件中格式很好。

下面是我如何应用的代码：

import pandas as pd
import os
import numpy as np
import allel
import tkinter as tk
from tkinter import filedialog
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.stats import norm

GenomeVariantsInput = allel.read_vcf('quartet_variants_annotated.vcf', samples=['ISDBM322015'],fields=[ 'variants/CHROM', 'variants/ID', 'variants/REF',
 'variants/ALT','calldata/GT'])

安装版本:Python3.6.9 Numpy 1.19.5熊猫1.1.5

Answer 1

您需要在第一行中添加如下一行：

#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003

但是它并不是对所有文件都是静态的，您必须为您的文件创建一个像上面这样的Header。(我建议先尝试这个标题，如果它有错误，然后定制它)