我想把这个打印(D)函数的输出放到一个熊猫数据仓库中。

Question

我正在使用python中的生物服务包，我想把这个功能的输出放到一个使用熊猫的数据框架中。

from bioservices import UniProt
u = UniProt(verbose=False)
d = u.search("yourlist:M20211203F248CABF64506F29A91F8037F07B67D133A278O", frmt="tab", limit=5,
             columns="id, entry name")
print(d)

这就是我得到的结果，就像一张整洁的小桌子

然而，问题是我无法使用这种形式的数据，我想使用熊猫将其放入数据中。

尝试下面的代码无效，它只返回错误"ValueError: DataFrame构造函数未正确调用“

import pandas as pd
df = pd.DataFrame(columns= ['Entry','Entry name'],
              data=d)
print(df)

Answer 1

使用pd.read_csv，将输出封装到一个StringIO中(显示一个类似文件的接口)：

import io
import pandas as pd

data = 'Entry\tEntry name\na\t1\nb\t2'
io_data = io.StringIO(data)

df = pd.read_csv(io_data, sep='\t')
print(df)

输出是一个数据文件：

  Entry  Entry name
0     a           1
1     b           2

样本数据：

from bioservices import UniProt
import io

u = UniProt(verbose=False)
d = u.search("yourlist:M20211203F248CABF64506F29A91F8037F07B67D133A278O", frmt="tab", limit=5,
             columns="id, entry name")
#print(d)

df = pd.read_csv(io.StringIO(d), sep='\t')
print(df)
    Entry   Entry name
0  Q8TAS1  UHMK1_HUMAN
1  P35916  VGFR3_HUMAN
2  Q96SB4  SRPK1_HUMAN
3  Q6P3W7  SCYL2_HUMAN
4  Q9UKI8   TLK1_HUMAN