PyRadiomics:如何使用.jpg图像的PyRadiomix库从灰度游程长度矩阵中提取特征

Question

我无法使用.jpg文件的PyRadiomix库提取GLRLM特征。它还有一个掩码输入，这对我来说并不清楚。

import SimpleITK as sitk
from radiomics import glrlm
from radiomics import featureextractor

image = sitk.ReadImage('D:\Desert.jpg', imageIO="JPEGImageIO")
extractor = featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor()
extractor = featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor(binWidth=20, sigma=[1, 
             2, 3], verbose=True)
# Disable all feature classes, save firstorder
extractor.disableAllFeatures()
extractor.enableFeatureClassByName('glrlm')

extractor.enableFeaturesByName(glrlm=['SRE', 'LRE','GLN','GLNN','RLN','RLNN','RP','GLV','RV','RE','LGLRE','HGLRE','SRLGLE','SRHGLE','LRLGLRE','LRHGLRE'])
******result = extractor.execute(imagePath, labelPath)*******

我从PyRadiomics网站上得到了这段代码。但是在最后一行，我不能理解这两个参数

Answer 1

从documentation

execute(imageFilepath, maskFilepath, label=None, label_channel=None, voxelBased=False)

计算用于提供图像和掩模组合的放射组学签名。它包括以下步骤：

参数：

• imageFilepath -整数图像，或指向图像文件location
• maskFilepath -整数图像的字符串，或指向标签映射文件location
• label - SimpleITK的字符串，要提取其特征的标签值。如果未指定，则使用上次指定的标签。默认标签为1.
• label_channel -整数，当maskFilepath生成具有矢量像素类型的SimpleITK.Image时要使用的通道索引。默认索引为0.
• voxelBased -布尔值，默认为False。如果设置为true，则执行基于体素的提取，否则执行基于分段的提取。

因此，在呼叫中

result = extractor.execute(imagePath, labelPath)

labelPath在签名中扮演maskFilepath的角色。