BLAST中的种子是否向左右扩展为HSP？

Question

在BLAST算法中，我理解用于定义两边高得分对(HSP)的种子扩展规则是当得分减少(负数)时。

然而，我发现即使得分是负的，它也会继续扩大到两边。为什么？

Answer 1

BLAST不一定会在每次分数下降时停止扩展。事实上，只有当分数降到某个特定的临界值以下时，它才会停止扩张，这被称为drop。