使用ete3获取祖先节点编号

Question

我需要在ete3中获取树中的节点号。

下面是一个树的示例：

rooted_tree = Tree( "((A,B),(C,D));" )

print rooted_tree
#
#          /-A
#     /---|
#    |     \-B
#----|
#    |     /-C
#     \---|
#          \-D

假设我想要A和B的祖先的节点号，我如何获得它？我只知道这么做：

ancestor = tree.get_common_ancestor("A","B")

但是像ancestor.node_number的ancestor.num这样的东西不起作用..。

Answer 1

ete树中的所有节点都是对象，它们没有编号，但它们有一个标记为拓扑透视的哈希ID

您可以通过以下方式访问这些拓扑id

ancestor = tree.get_common_ancestor("A","B")
print(ancestor.get_topology_id())

引用自ete3文档：

get_topology_id(attr='name') 2.3版中的新功能。

返回表示当前树的拓扑的唯一ID。具有相同拓扑的两个树将产生相同的id。如果树是无根的，请确保根节点不是二进制的，或者在生成拓扑id之前使用tree.unroot()函数。

这对于检测一组树上的独特拓扑的数量很有用，而不需要全距离方法。

缺省情况下，id是根据终端节点的名称计算的。可以使用任何其他节点属性来代替。

进一步参考：http://etetoolkit.org/docs/latest/reference/reference_tree.html#get_topology_id