如何解决snakemake中"IndexError: list index out range“的问题

Question

我第一次设置了一个新的snakemake管道，但遇到了代码问题。

我一开始就试着让它变得非常简单。

configfile: "config.yaml"
SAMPLES, = glob_wildcards("data/{sample}_L008_R1_001.fastq.gz")

rule all:
    input:
        expand("umi_labeled_fastq/{sample}.umi-extract.fq.gz", sample=SAMPLES)
rule umi_tools_extract:
    input:
        "data/{sample}_L008_R1_001.fastq.gz"
    output:
        "umi_labeled_fastq/{sample}.umi-extract.fq.gz"
    shell:
        "umi_tools extract --extract-method=regex --bc-pattern=”(?P<umi_1>.{6})(?P<discard_1>.{4}).*” -I {input} -S {output}"

下面是我收到的输出：

Job counts:
    count   jobs
    1   all
    6   umi_tools_extract
    7

[Thu May 16 16:55:05 2019]
rule umi_tools_extract:
    input: data/YL5_S221_L008_R1_001.fastq.gz
    output: umi_labeled_fastq/YL5_S221.umi-extract.fq.gz
    jobid: 3
    wildcards: sample=YL5_S221

RuleException in line 9 of /home/ryan/lexogen/test2.snakefile:
IndexError: list index out of range

如果我从正则表达式模式中删除这一部分，则不会出现错误：

--bc-pattern=”(?P<umi_1>.{6})(?P<discard_1>.{4}).*”

那么我就不会得到任何错误。我该如何解决这个问题呢？

Answer 1

在doubling the brackets的外壳命令中，您需要转义{4}和{6}的大括号。Snakemake认为它们是某种类型的变量，而它们不是，因此是错误的。

shell:
    "umi_tools extract --extract-method=regex --bc-pattern=”(?P<umi_1>.{{6}})(?P<discard_1>.{{4}}).*” -I {input} -S {output}"