GLMM :使用套索或脊线安装GLMM，并添加二项式cloglog链接

Question

如何在glmnet中为套索/岭/弹性网回归指定链接函数？

我找到了下面的帖子，但不确定这对我需要指定一个cloglog链接有帮助。How to specify log link in glmnet?

我有一个具有二元响应0/1 (疾病no/yes)和几个预测变量的调查数据集，这些变量大多是二元分类(是/否，男性/女性)，一些是计数(羊群大小)，还有一些是具有多个水平的分类变量。

我之前使用二项式家庭的glmer()函数和link = cloglog运行了一个广义线性混合模型，因为这样做创建了我想要的结果截距的精确解释(在疾病研究中，来自此设置的截距等于在随机效应(在我的例子中是地理单位(村庄或子村或家庭))中指定的变量中的平均值“感染力”-易感人群被感染的速率。

由于现在有几个调查变量可供我使用，我想尝试使用glmnet进行套索和岭回归。我的理解是，最好是将glmm公式放入glmnet中。但是，我找不到任何有关如何添加链接的文档。我这样做了，在我认为可以工作的语法中，它确实运行了。但它也会在link函数中输入无用信息。

下面是一个可重复使用的示例：

library(msm)

library(glmnet)

set.seed(1) 

N = 1000

X = cbind( rbinom(n=N,size=1,prob=0.5), rnorm(n=N) ) 

beta = c(-0.1,0.1)
phi.true = exp( X%*%beta ) 

p = 1 - exp(-phi.true)

y = rbinom(n=N,size=1,prob = p)

dat <- data.frame(x=X,y=y)

x <- model.matrix(y~., dat)

glmnet(x, y, family="binomial", link="logit", alpha = 1, lambda = 2)

无论我输入'logit'，'cloglog‘，甚至是一个名字'adam’，我都会得到相同的输出。并且不能使用与GLMM相同的语法，因为在glmnet中必须是字符向量。

输出：

> glmnet(x, y, family="binomial"(link="logit"), alpha = 1, lambda = 2)

Error in match.arg(family) : 'arg' must be NULL or a character vector

> glmnet(x, y, family="binomial", link="logit", alpha = 1, lambda = 2)

Call:  glmnet(x = x, y = y, family = "binomial", alpha = 1, lambda = 2,      link = "logit") 

  Df      %Dev Lambda
1  0 -7.12e-15      2

> glmnet(x, y, family="binomial", link="cloglog", alpha = 1, lambda = 2)

Call:  glmnet(x = x, y = y, family = "binomial", alpha = 1, lambda = 2,      link = "cloglog") 

  Df      %Dev Lambda
1  0 -7.12e-15      2

> glmnet(x, y, family="binomial", link="adam", alpha = 1, lambda = 2)

Call:  glmnet(x = x, y = y, family = "binomial", alpha = 1, lambda = 2,      link = "adam") 

  Df      %Dev Lambda
1  0 -7.12e-15      2

在glmnet中不能更改二项式家族的默认链接函数吗？

Answer 1

我想你应该使用family = binomial(link = "cloglog")

查看新的glmnet：https://cran.r-project.org/web/packages/glmnet/vignettes/glmnetFamily.pdf