CITE-Seq-Count修剪Fastq文件/运行逗号分隔列表

Question

我正在使用程序CITE-seq-Count来分析单元散列/cite-seq数据。我们在多个通道(1-4)上进行了AdT/HTO的排序运行。我尝试使用cat函数合并fastq.gz文件，并运行它们，如下所示：

CITE-seq-Count 
-R1 ./adt_read1/merged_adt_S2_L005_R1_001.fastq.gz 
-R2 ./adt_read2/merged_adt_S2_L005_R2_001.fastq.gz ... (tags, cells, etc).

我收到错误：./adt_read2/merged_adt_S2_L005_R2_001.fastq.gz中的序列长度不一致。请将所有序列修剪成相同的长度。正在退出应用程序。

我看到在1.4.3版本的CITE-seq-Count中有可能使用多个通道(而不合并.fastq.gz文件)

Inputs:
  Required input files.

  -R1 READ1_PATH, --read1 READ1_PATH
                        The path of Read1 in gz format, or a comma-separated list of paths to all Read1 files in gz format (E.g. A1.fq.gz,B1.fq,gz,...
  -R2 READ2_PATH, --read2 READ2_PATH
                        The path of Read2 in gz format, or a comma-separated list of paths to all Read2 files in gz format (E.g. A2.fq.gz,B2.fq,gz,...

但是当我尝试使用下面的代码运行时，它失败了。

CITE-seq-Count
-R1 ./adt_read1/ADT703_S2_L001_R1_001.fastq.gz , ./adt_read1/ADT703_S2_L002_R1_001.fastq.gz , ./adt_read1/ADT703_S2_L003_R1_001.fastq.gz , ./adt_read1/ADT703_S2_L004_R1_001.fastq.gz 

-R2 ./adt_read2/ADT703_S2_L001_R2_001.fastq.gz , ./adt_read2/ADT703_S2_L002_R2_001.fastq.gz , ./adt_read2/ADT703_S2_L003_R2_001.fastq.gz , ./adt_read2/ADT703_S2_L004_R2_001.fastq.gz 

我收到一个错误，说这些参数未被使用。有没有办法将所有车道L001-4合并到一条跑道中？我的逗号分隔列表不正确吗？

谢谢!

Answer 1

尝试使用此命令。修复命令的方法:删除逗号周围的空格(foo , bar -> bar,bar)，在跨越多行的命令的每行末尾添加\ (使用不使用尾随空格的反斜杠)。

CITE-seq-Count \
-R1 ./adt_read1/ADT703_S2_L001_R1_001.fastq.gz,./adt_read1/ADT703_S2_L002_R1_001.fastq.gz,./adt_read1/ADT703_S2_L003_R1_001.fastq.gz,./adt_read1/ADT703_S2_L004_R1_001.fastq.gz \
-R2 ./adt_read2/ADT703_S2_L001_R2_001.fastq.gz,./adt_read2/ADT703_S2_L002_R2_001.fastq.gz,./adt_read2/ADT703_S2_L003_R2_001.fastq.gz,./adt_read2/ADT703_S2_L004_R2_001.fastq.gz