如何在指定的网格中绘制多个UMAP？

Question

我正在使用新的Seurat 3软件包来分析单细胞测序数据。我已经合并了18个Seurat对象，并将单独的标识符保存在meta.data中。在使用DimPlot函数中的split.by参数绘制18个单独的UMAP时，它将按字母顺序返回一个图。它还在前三行绘制了5个UMAP，在最后一行绘制了3个UMAP。我想要画一个6乘3的网格，并能够排序的UMAP不按字母顺序。下面是我使用的命令。

DimPlot(object = object, reduction = "umap", split.by = "orig.ident")

Answer 1

如果您不想使用ggplot2，在DimPlot()中有一个选项

library(Seurat)
pbmc_small = FindClusters(pbmc_small,resolution=1.2)
DimPlot(pbmc_small, split.by = "ident")

在这种情况下，我们有6个方面：

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如果我们想要两行，假设顺序为0,5,1,3,2,4：

DimPlot(pbmc_small, split.by = "ident",ncol=3,order=rev(c(0,5,1,3,2,4)))

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