在R中，我如何定义模型对比，以比较相对于公共控件的两个条件？

Question

我一直在使用Limma包中的makeContrasts函数来创建对比，并且我了解如何进行简单的对比，例如，将每个处理与一个对照进行独立比较，或者比较两个处理：

makeContrasts(A_vs_Ctrl = "A - Control", B_vs_Ctrl = "B - Control",
              C_vs_Ctrl = "C - Control", A_vs_B = "A - B",
              levels = c("Control", "A", "B", "C"))

          Contrasts
Levels      A_vs_Ctrl  B_vs_Ctrl  C_vs_Ctrl  A_vs_B
  Control        -1        -1        -1        0
  A               1         0         0        1
  B               0         1         0       -1
  C               0         0         1        0

我的问题是，当每个处理都被认为是相对于对照时，两个处理之间的对比代码是如何实现的？例如，我想要确定A_vs_Ctrl和B_vs_Ctrl之间何时存在差异；其想法是，这将表明何时治疗A和治疗B与Control条件在不同方面而不是以相同的方式不同。我的尝试如下，但我不认为它是正确的，我在理解如何正确编码这个假设的对比中遇到了麻烦。

makeContrasts(AvsCtrl_VS_BvsCtrl = "(A - Control)/2 - (B - Control)/2",levels=c( "Control","A","B","C"))

 Contrasts
Levels    AvsCtrl_VS_BvsCtrl
  Control                0.0
  A                      0.5
  B                     -0.5
  C                      0.0

Answer 1

你在问A的效果是否与B的效果不同，也就是说，如果A-C = B-C。但这等同于问A= B。我认为你的A_vs_B对比度已经回答了你的问题。