向ete3中的热图添加标签

Question

我阅读了所有关于侧面热图生成的文档，但我找不到任何方法来向ete3生成的热图添加标签。例如，在下面的代码中，热图的7列具有名称'Marker1‘到'Marker7’。有没有办法将这些名字添加到ete3生成的热图中，就像“BarChartFace”中的“labels”选项一样？或者，唯一的方法是将树移植到matplotlib，然后在那里添加标签？

from ete3 import Tree, TextFace, NodeStyle, TreeStyle, faces, AttrFace, ClusterTree, ProfileFace
PhenoDict={'a':1,'b':0,'c':1}
matrix = """
#Names\tmarker1\tmarker2\tmarker3\tmarker4\tmarker5\tmarker6\tmarker7
a\t1\t-1\t1\t-1\t-1\t-1\t1
b\t-1\t-1\t1\t1\t-1\t-1\t1
c\t1\t1\t1\t-1\t1\t1\t1
"""

t=ClusterTree( "((a,b),c);" , text_array=matrix)

#Defining a function to generate textFace for each node

def ColorCodedNode (node):
    if node.is_leaf():
        ColorCode=PhenoDict[node.name]

        if ColorCode == 0:
            faces.add_face_to_node(AttrFace('name',fsize=20,fgcolor='blue'), node, column=0,aligned=True)
column=1,position='aligned')
            faces.add_face_to_node(ProfileFace(1, -1, 0, width=200, height=40, style='heatmap', colorscheme=2),node,column=1,position='aligned')
        elif ColorCode == 1:
            faces.add_face_to_node(AttrFace("name",fsize=20,fgcolor='red'), node, column=0,aligned=True)
            faces.add_face_to_node(ProfileFace(1, -1, 0, width=200, height=40, style='heatmap', colorscheme=2),node,column=1,position='aligned')


ts = TreeStyle()
ts.layout_fn= ColorCodedNode
ts.show_scale = False
ts.show_leaf_name = False
ts.draw_guiding_lines=True
t.show(tree_style=ts)

现在它生成了一个类似这样的树，但我需要向每个热图列添加标签。

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Answer 1

部分答案：

我找不到这样做的方法，但是您可能对TreeStyle的aligned_header和aligned_foot属性感兴趣

假设您成功地创建了一个轴作为面，名为axisface。我认为我的回答是片面的，因为我创建这个面的解决方案是一个基于BarChartFace的不完美的解决方案：

from ete3 import BarChartFace

labels = matrix.split('\n')[1].split('\t')[1:]
axisface = BarChartFace([0]*len(labels), width=200, height=0, labels=labels, max_value=1, scale_fsize=1) # Can't get rid of the Y axis tick labels though

然后，您可以将其添加到页脚/页眉：

ts.aligned_foot.add_face(axisface, 1)

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或者，对于单个面，可以为每个标签创建一个RectFace：

from ete3 import RectFace

for i, lab in enumerate(labels):
    labface = RectFace(50, 200/len(labels), '#fff', '#eee', label={'text':lab, 'fontsize':8, 'color': 'black'})
    labface.rotation = -90
    ts.aligned_foot.add_face(labface, 1+i)

但是矩形不能正确地与每个热图列对齐。