如何将系统树和热图结合起来？

Question

我需要将系统发生树和热图结合起来，所以我一直在尝试使用R中的ggtree和phytools包来做同样的事情，但是，我没有成功。我的数据集如下所示，

((org1:0.03398193,org2:0.07721021)0.7400:0.00589058,org3:0.09199544,org4:0.09205519);

data.csv
x       x1  x2  x3  x4  x5
org1    50  20  40  70  50
org2    10  15  60  78  20  
org3    40  50  40  70  20
org4    80  50  40  20  30

以下教程采用的代码，http://www.randigriffin.com/2017/05/11/primate-phylogeny-ggtree.html代码如下：

tree = read.tree(text = "org1:0.03398193,org2:0.07721021)0.7400:0.00589058,org3:0.09199544,org4:0.09205519);")
d <- data.frame(read.csv("data.csv"))
traits <- data.frame(d, fastBM(tree))
p8 <- ggtree(tree) +  xlim(0, 125) + geom_tiplab(size = 2, offset = 17)
p9 <- gheatmap(p8, traits, offset = 0.2, width = 0.2, low = "white", high = "black", colnames_position = "top", font.size = 2)

当我遵循相同的代码而不做任何更改时，它工作得非常好。但是，当我尝试处理我的数据时，它显示错误。我不知道如何使用fastBM将我的树与数据文件结合起来。我想我应该使用其他函数而不是fastBM。请帮我做同样的事情。

Answer 1

我找到了一个解决方案，你应该把Randi Griffin在他的帖子中提出的所有论点都放在一边，这确实会让你的陈述变得错误。

您将需要以下软件包：

library(ape)
library(dplyr)
library(phytools)

# install from Bioconductor
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ggtree")

library(ggtree)


tree <- read.tree(text = "(org1:1, org2:1, (org3:0.15, org4:0.15):0.8500);")
traits <- data.frame(fastBM(tree, nsim=5))

plot(tree)

p8 <- ggtree(tree) +
  geom_tiplab(size=2) 

# add heatmap
p9 <-  gheatmap(p8,
                traits,
                offset=0.2, low="white", high="black", colnames_position = "top", font.size=2)

p9

此建议适用于具有相同分支长度的树。但它也适用于不同的长度。实际上，在他的示例中，他使用了xlim(0, 125)，因为他的边长度最多为40，但在您的示例中，边长度更小。因此，最好让R函数为您的图找到最佳极限值。

使用R更容易导入以下格式为'，‘的数据：

x,x1,x2,x3,x4,x5
org1,50,20,40,70,50
org2,10,15,60,78,20  
org3,40,50,40,70,20
org4,80,50,40,20,30

此代码用于导入数据：

df <- read_csv("stack.txt")
df <- as.data.frame(df)
rownames(df) <- df$x
df <- df[,-1]

您只需要在df中更改traits，因为您拥有正确的行和列名称。

p8 <- ggtree(tree) +
  geom_tiplab(size=2) 


# add heatmap
p9 <-  gheatmap(p8,
                df,
                offset=0.2, low="white", high="black", colnames_position = "top", font.size=2)

p9

您可以在以下地址查看ape包vignette，以了解如何手动构建，就像您希望在R中创建data.tree对象一样：

https://cran.r-project.org/web/packages/ape/index.html

它将帮助您完成剩下的工作，它也将帮助我们帮助您。

您的问题代码暂时不正确，我们无法知道您需要哪棵树。