xarray:如何将scipy函数应用于大型netcdf数据集

Question

我有一个包含多个变量的大型netcdf文件。我需要沿着一个维度对一个变量进行离散积分，比如形状(80,100,300000)与维度(时间，深度，节点)的温度。因此，我尝试使用xarray将大数据集分成块，然后尝试应用函数scipy.integrate.simps，但失败了。

import xarray as xr
import scipy.integrate as sci
ds = xr.open_dataset('./temperature.nc',chunks={'time':5, 'nodes':1000})
temp = ds.temperature

请帮助我应用simps函数沿分块变量的第二维，然后将分块保存到netcdf文件，而不是将整个数据转储到RAM中。我想做这样的事情

temp.apply(sci.simps,{'dx':5}).to_netcdf('./temperature_integrated.nc')

Answer 1

我想你是在找xarray.apply_ufunc

也许下面这样的东西可以为你工作(未经测试)：

import xarray as xr
xr.apply_ufunc(scipy.integrate, ds.temperature)