使用autoplot的相关性和距离双线图？

Question

用R (USArrests)提供的一个例子，我想问一下，有没有人能告诉我自动绘图中的缩放导致了什么？我熟悉Borcard等人所描述的距离和相关性双线图。(2011)。autoplot函数使biplot变得更好，但我找不到如何使用该函数简单地区分距离和相关类型的biplot。

# Distance biplot (scaling = 1)
biplot(prcomp(USArrests, scale = TRUE), scale=0)

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# correlation biplot (scaling =2)
biplot(prcomp(USArrests, scale = TRUE), pc.biplot=TRUE)

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# using autoplot there are several options: 
library(ggfortify)
ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale=TRUE), pc.biplot=TRUE, label = TRUE, loadings.label = TRUE)

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# I assume this is equal to the correlation biplot
ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale=TRUE), scale=0, label = TRUE, loadings.label = TRUE)

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ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale=TRUE), scale=1, label = TRUE, loadings.label = TRUE)

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ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale=TRUE), scale=2, label = TRUE, loadings.label = TRUE)

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我可以使用autoplot简单地绘制一个距离(缩放= 1)吗？

Answer 1

是,

ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale = TRUE), scale = 0, label = TRUE, loadings.label = TRUE)

和

biplot(prcomp(USArrests, scale = TRUE), scale = s)

给出0 <= s <= 1的类似结果。请参阅stats:::biplot.prcomp和ggfortify:::autoplot.prcomp以说服自己。特别是，这两个函数都有(下面来自stats:::biplot.prcomp)

lam <- x$sdev[choices]
n <- NROW(scores)
lam <- lam * sqrt(n)
lam <- lam^scale
biplot.default(t(t(scores[, choices])/lam), t(t(x$rotation[, 
        choices]) * lam), ...)

这就解释了scale的作用。另请参阅?ggbiplot和?autoplot.prcomp。