将数据存储在来自for loop - rentrez的数据帧中

Question

我正在尝试使用rentrez包查找具有PubMed条目的SNP列表。当我运行下面的代码时，我得到了一个空的数据帧。我想我没有正确地写入数据帧。

library(rentrez)

term <- c('AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]',
'AKR1C2[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]')

p.snps <- for (i in seq_along(term)) {
  entrez_search(db="SNP",
                term = i,
                usehistory = "y"
                )
}

我想为大约100个基因做这件事。

Answer 1

Problems

有几个问题：

• for循环不返回值
• entrez_search的第二个参数应该是代表术语的字符串，但是问题中的代码传递给它一个数字
• 问题引用一个数据框，但返回它的自然方法是"esearch"对象列表(尽管这可能会在以后进一步转换)。

修正后的代码

试试这个：

p.snps <- vector(length = length(term), mode = "list")

for (i in seq_along(term)) {
  p.snps[[i]] <- entrez_search(db = "SNP", term = term[i], history = "y")
}
names(p.snps) <- term

Shorter 或all in one line：

p.snps <- sapply(term, entrez_search, db = "SNP", usehistory = "y", simplify = FALSE)

长格式数据框

要将此列表转换为具有第二列的ids长格式数据框，请执行以下操作：

ids <- lapply(p.snps, "[[", "ids")
stack(ids)

给予：

     values                                                            ind
1  41314625 AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]
2  17344137 AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]
3  11548049 AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]
4   7097713 AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]
...etc...

如果你想要索引值(1，2，...)在stack语句之前运行以下语句，而不是查询字符串：

names(ids) <- seq_along(ids)

在这种情况下，stack语句的输出将是：

     values ind
1  41314625   1
2  17344137   1
3  11548049   1
4   7097713   1
5   3930965   1
6   3763675   1
...etc...