大量节点的number图

Question

我正在尝试使用ggdendrogram绘制一个包含大量节点的dendrogram，速度非常慢(例如，与dendextend相比)：

set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(100*10),nrow=100,ncol=10)
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(mat)))


require(ggdendro)
require(dendextend)
require(microbenchmark)
> microbenchmark(ggdendrogram(dend,rotate=T,labels=F,size=4,theme_dendro=F))
Unit: milliseconds
                                                                   expr      min       lq     mean  median       uq      max neval
 ggdendrogram(dend, rotate = T, labels = F, size = 4, theme_dendro = F) 394.3181 409.3591 431.0981 412.515 416.4568 1346.844   100

> microbenchmark(dend %>% plot(horiz = TRUE))
Unit: milliseconds
                        expr      min     lq     mean   median       uq      max neval
 dend %>% plot(horiz = TRUE) 138.7253 207.92 214.5278 208.8807 211.2602 640.0316   100

有没有办法加快速度，使其与dendextend的绘图速度相媲美？

另外，无论我指定的是rotate=T还是

ggdendrogram(dend,rotate=F,labels=F,size=4,theme_dendro=F)+coord_flip()

我得到了指向左侧的树状图：

​

但我想让它指向正确的方向。你知道怎么让它工作吗？

Answer 1

在这个阶段，dendextend包取代了ggdendro。

set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(100*10),nrow=100,ncol=10)
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(mat)))
require(dendextend)
gg_dend <- as.ggdend(dend)
require(ggplot2)
ggplot(gg_dend, labels = F)+coord_flip()+ scale_y_reverse()

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