获取给定深度截止点的分支下的树叶名称

Question

我想知道在dendrogram中，对于给定的深度截止点，我可以通过什么方式为低于该深度截止点的每个分支获取一个列表，其中列出了它的后代所有叶子的名称。

例如，我创建了这个dendrogram

set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(100*10),nrow=100,ncol=10)
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(mat))))

使用dendextend绘制它

require(dendextend)
dend %>% plot

并将深度截止定义为14.5：

abline(h=14.5,col="red")

​

​

我的清单应该是：

list(c(5),c(7),c(8),c(10,4,9),c(3,6,1,2))

Answer 1

set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(100*10),nrow=100,ncol=10)
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(mat))))

require(dendextend)
dend %>% plot
abline(h=14.5,col="red")

dendextend中的cutree function接受高度截止值，并将返回一个带有组成员身份的整数vector：

> cutree(dend,h=14.5)
 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 
 1  1  1  2  3  1  4  5  2  2 

Answer 2

不完全确定这是否是你想要的答案，但你能像这样访问它们吗？

acme$Accounting$children %>% names()
"New Software"             "New Accounting Standards"

acme$IT$children %>% names()
"Outsource"   "Go agile"    "Switch to R"

假设您希望自动执行此操作，那么它将如下所示

names = c('Accounting', 'IT')
sapply(names, function(x) acme[[x]]$children %>% names(.))

我认为可能有一种更优雅的方法来做这件事，但这看起来并不是一种可怕的方法。

编辑

因为用户完全改变了，所以这里有一个新的答案：

get_height = function(x){
  a = attributes(x)
  a$height
}

height = 14
dendrapply(dend, function(x) ifelse(get_height(x) < height, x, '')) %>% unlist()

您只需要访问树状图中每个末端节点的高度，并确定它是高于还是低于您希望的高度。不幸的是，这不会将来自同一父节点的叶节点分组在一起--然而，这应该不会太困难，只需进行一些修补即可。希望这能让你上路。