使用R/Knitr/Rstudio中的tables-package在latex表中测试统计数据(例如，chisquare测试)

Question

我想使用tables-package中的tabular()-function对两个变量(例如v1和v2)进行交叉制表，并在表中显示chisq--function的p值。很容易得到交叉表，但我不能得到表内的p值。这就是我一直在尝试的，但没有任何运气：

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\documentclass{article}

\begin{document}

<<echo=TRUE,message=FALSE>>=
library(Hmisc)
library(tables)
v1 <- sample(letters[1:2],200,replace=TRUE)
v2 <- sample(month.name[1:3],200,replace=TRUE)
df <- data.frame(v1,v2)
@

It is straight forward to get the crosstabulation:
<<results='asis'>>=
latex(   tabular(    Factor(v1)   ~   Factor(v2)      , data=df)  )
@

But I cant get the p-value inside the table:

<<results='asis'>>=
latex(   tabular(    Factor(v1)*chisq.test(v1,v2)$p.value   ~   Factor(v2)      , data=df)  )
@

\end{document}

Answer 1

我不知道如何在tables::tabular中做到这一点，但是假设您已经将您的系统配置为通过latex()生成pdf文件，那么在Hmisc::summary.formula.reverse中就可以做到。我必须搜索Rhelp归档文件，才能找出latex参数列表中需要包含'exclude1‘参数。返回文档后，虽然我以为是在阅读summary.rms的帮助页面，但exclude1确实出现在latex.summary.formula.reverse的用法示例中

library(Hmisc)
latex(summary( v2 ~ v1, data=df,  method="reverse" ,test=TRUE), exclude1=FALSE)

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如果您希望通过将输出分配给指定的文件来将latex输出嵌入到较长的文档中，则可以“一路上”截取latex输出。

latex(summary( v2 ~ v1, data=df,  method="reverse" ,test=TRUE), exclude1=FALSE, file="")
#--------
% latex.default(cstats, title = title, caption = caption, rowlabel = rowlabel,      col.just = col.just, numeric.dollar = FALSE, insert.bottom = legend,      rowname = lab, dcolumn = dcolumn, extracolheads = extracolheads,      extracolsize = Nsize, ...) 
%
\begin{table}[!tbp]
\caption{Descriptive Statistics by v2\label{summary}} 
\begin{center}
\begin{tabular}{lcccc}
\hline\hline
\multicolumn{1}{l}{}&\multicolumn{1}{c}{February}&\multicolumn{1}{c}{January}&\multicolumn{1}{c}{March}&\multicolumn{1}{c}{Test Statistic}\tabularnewline
&\multicolumn{1}{c}{{\scriptsize $N=56$}}&\multicolumn{1}{c}{{\scriptsize $N=73$}}&\multicolumn{1}{c}{{\scriptsize $N=71$}}&\tabularnewline
\hline
v1~:~a&43\%~{\scriptsize~(24)}&47\%~{\scriptsize~(34)}&44\%~{\scriptsize~(31)}&$ \chi^{2}_{2}=0.21 ,~ P=0.901  $\tabularnewline
~~~~b&57\%~{\scriptsize~(32)}&53\%~{\scriptsize~(39)}&56\%~{\scriptsize~(40)}&\tabularnewline
\hline
\end{tabular}
\end{center}
Numbers after percents are frequencies.\\\noindent Test used:\\Pearson test\end{table}

Answer 2

还可以通过xtable()将卡方统计数据中的文本粘贴到标题中。例如：

#sample data
var1<-sample(c('A', 'B'), 10, replace=T)
var2<-sample(c('Red', 'Blue'), 10, replace=T)
#join in frequency table
tab<-table(var1, var2)
#conduct chisq.test
test<-chisq.test(tab)
#show values of chisq.test()
name(test)
#Use xtable, use print.xtable for further manipulations
out<-xtable(tab, caption=paste('Important table, chi-squared =', test$statistic, ', p=', test$p.value,',' ,test$parameter, 'df', sep=' '))
#print
out